La bobeda pintada por Mauricio Ramelli recrean toda la vida de San Francisco de Asis, desde su juventud hasta el momento del transito a la fatalidad.
El altar central de estilo barroco, muestra en la base de la mesa del sacrificio 12 estatuillas con la efigie de san Francisco en diversas poses, además de siete imágenes de santos Franciscanos de tamaño natural, en la parte central aparece Cristo Resucitado triunfante.
En la capilla lateral derecha, se encuentra la imagen del Cristo Muerto en el Calvario acompañada de Nuestra Señora de las Angustias y Juan el Evangelista; esta es una de las capillas más frecuentadas por los Caleños.
Otras de las imágenes importantes que se guardan en el templo son:
El Señor Nazareno, talla de origen Quiteño.
La Virgen de las Apocalipsis, joya del arte religioso, tallada en madera de origen Quiteño, con tiara y alas en plata antigua.
El Cristo de Cañasgordas, ante el cual se postraron los antiguos esclavos de la Hacienda que lleva el mismo nombre y que era residencia oficial del Alférez real.
Además de otros liensos y artefactos de gran valor.
